BoxCryptor to bardzo ciekawe i proste w obsłudze narzędzie do szyfrowania plików i folderów. Pozwala ono zabezpieczać dane przechowywane zarówno na lokalnym dysku twardym, jak również w chmurze (np. usługa Dropbox lub SugarSync).
Program po zainstalowaniu daje użytkownikowi możliwość tworzenia zaszyfrowanych folderów, w których przechowywane będą zabezpieczone dane. Foldery te ulokowane mogą być zarówno na dysku komputera, jak również na wszelakiego rodzaju przenośnych nośnikach danych - pendrive'ach, kartach pamięci itp. Każdy z nich mapowany jest przez BoxCryptora jako osobna wirtualna partycja, której obsługa jest identyczna jak każdego innego dysku w komputerze. Dostęp do zabezpieczonych danych możliwy jest jedynie wtedy, kiedy uruchomiony jest BoxCryptor. Z kolei dostęp do narzędzia zabezpieczony jest hasłem, którego to podanie odblokowuje wszystkie zaszyfrowane foldery.
Poza możliwością zabezpieczania lokalnie przechowywanych danych narzędzie umożliwia także szyfrowanie danych, które następnie zostaną umieszczone na zewnętrznych serwerach. Jedynym koniecznym warunkiem jest to, aby poufne dane znajdowały się w folderze zsynchronizowanym z danym serwerem, na którym będą one przechowywane. Wszelakie dane zabezpieczone przy użyciu programu BoxCryptor szyfrowane są przy użyciu algorytmu AES-256. Proces zarówno szyfrowania, jak również odszyfrowania danych odbywa się w locie.