Brain It On! to gra logiczna, wykorzystująca symulowaną fizykę i możliwość rysowania po ekranie. Zadaniem gracza jest narysować taki kształt, który będzie miał odpowiednią „wagę” i wykona zadanie. Zazwyczaj chodzi o doprowadzenie kulki w odpowiednie miejsce, ale nie zawsze jest to tak proste.
Na kolejnych planszach w grze trzeba rozwiązywać różne zadania, jak przesuwanie piłek, przewracanie obiektów i tym podobne. Zadaniem gracza jest rysowanie kształtów, które tego dokonają, przy czym zdarza się, że na części planszy rysować nie można. Kształty poddają się prawom fizyki, mają masę, środek ciężkości i reagują na przyciąganie ku dołowi planszy w sposób odpowiedni dla swojego kształtu.
Rozwiązując zagadki zyskujemy dostęp do kolejnych poziomów. Jeśli gracz utknie, może obejrzeć reklamę, by zyskać wskazówki. Zadania zazwyczaj trzeba rozwiązywać w określonym czasie i wyznaczoną liczbą kształtów.
Poza rozwiązywaniem łamigłówek z listy poziomów w grze można stoczyć potyczkę z innym graczem. W ciągu minuty każdy musi rozwiązać dostarczoną łamigłówkę.